1．品種退化嚴重。這是影響道地藥材品質的重要因素之一。具體表現在一部分道地藥材的抗旱性、耐寒性、抗病蟲害減弱，耐藥性增強或早熟。如三七，過去很少發生根腐病，現在不僅根腐病發病率提高，而且對農藥的耐藥性也在增強。
道地藥材品種退化的原因是多方面的，但主要原因：一是田間管理過程中，藥農為追求高產，長期大劑量施用無機肥以及植物生長素，促使其生長速度加快，擾亂了其自有的生物學特性，從而使品種退化：二是人為的改變其生態環境。有不少藥農盲目地照搬一般農作物的栽培技術于藥材。如有的藥農對藥材種子種苗搬用薄膜育秧技術，必然使其耐寒性從幼苗開始就減弱；三是不重視對優良品種的選育。這是造成道地藥材品種退化的根本原因。
2“公害”問題較為普遍。由于生產過程中，對土壤選擇不嚴，以及長期施用農藥和無機肥，導致目前道地藥材普遍存在重金屬含量、農藥殘留量超標問題，這是造成道地藥材品質下降難以走向國際市場的重要原因之一。
3．加工規格無創新。目前幾乎所有的道地藥材的商品規格都依從傳統加工。隨著人類社會經濟的發展，人們收入水平、生活質量的提高，醫藥模式沿著“生物一心理一社會”軌跡發生了重大變化，人們對藥材的需求不再僅僅局限于傳統意義上的防病治病方面，而是已開拓到強身健體。延年益壽、藥食兩用這樣更寬領域。因此，道地藥材商品規格就應該適應這種需求變化，比如三七、當歸、天麻、山藥、黃芪、黨參等品種均屬藥食兩用的道地藥材，人們已普遍食用。在加工的規格方面，就應該充分考慮食用方便的要求，可以加工成薄片，粉末等規格，這對拓展道地藥材的需求空間十分有利。
4．缺乏“品牌”意識。道地藥材也是商品，既是商品，就應該有自己獨特品牌。品牌是商品成功地打通國際市場大門的金鑰匙，提起“寶馬”汽車，人們便知道它是德國產品。但提起中藥“天麻”，有多少人知道它是哪的產品？同樣都是天麻，云南產、四川產、貴州產、陜西產、湖南、湖北也產。產地不同，天麻的品質必定有差異，這種差異，由于各地產的“天麻”，沒有自己的品牌，在市場上只好良莠不分，都以同樣的“身價”出售，這豈不是把真正道地藥材天麻“委屈”了嗎？
5.生產帶有盲目性。在市場經濟條件下，藥材種植分散于千家萬戶，由于沒有固定的組織去協調生產計劃，藥農只能憑借某一品種在某一時候、市場所表現出來的商品價格，去判斷是否種植，種植多少，而很少考慮當這種產品面對市場時，市場的需求變化。這樣，往往出現（道地）藥材周期性過剩或短少的波動。當其生產大量過剩時，再名貴的道地藥材也可能變得“身價”低廉；反之，當其生產不足時，即便是“烏鴉”也會賣出“鳳凰”價。正是這種畸形波動，使得不少名貴道地藥材在市場上很難長久保持其應有的珍貴與“身價”。